Untuk meningkatkan kualitas penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi serta ketrampilan siswa, MAN Gondangrejo mengadakan kegiatan intra kurikuler maupun ekstra kurikuler antara lain :
1. Achievement Motivation Training (AMT) untuk memotivasi semangat belajar siswa.
2. Pelatihan Jurnalistik bagi pengelola majalah dinding (mading) dan penulisan Karya Ilmiah Remaja (KIR)
3. Pelatihan Kader Kesehatan Remaja (KKR)
4. Seni Baca Alqur’an (Qiro’ah)
5. Seni Hadrah(Rebana)
6. Gerakan Pramuka
8. Ketrampilan Komputer
Mengikuti Kegiatan-kegiatan atau lomba-lomba insidental.
